Będzie trzeba wypełniać znacznie większą ilość dokumentów niż do tej pory, co będzie się także wiązało z pozyskiwaniem ich wzorów. Do głównych zmian będzie należeć kontrola z zakresu: stosowanych i magazynowanych środków ochrony roślin (także prowadzenia ewidencji tych środków), stosowania sterydów i hormonów, bezpieczeństwa produkowania i przechowywania żywności oraz pasz, a także występowania i zapobiegania chorobom zakaźnym. Sprawdzane będzie także to, czy spryskiwacze posiadają odpowiednie atesty oraz czy pomieszczenia i urządzenia do przechowywania mleka spełniają wymogi. Jak do tej pory Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa przeprowadzała kontrole jedynie w zakresie ochrony środowiska czy identyfikacji zwierząt, zatem obecnie szykowane zmiany będą ogromne.